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     Esse sistema indica uma explicação sobre o funcionamento da Alquimia.

    "A alquimia é uma ciência de compreensão, decomposição e recomposição da matéria. Contudo, não é uma técnica onipotente, pois não é possível criar algo do nada. Se você deseja obter alguma coisa, é preciso pagar um preço, e este é o fundamento da alquimia, a chamada troca equivalente. Existe um tabu na alquimia que não pode ser quebrado por ninguém, a chamada transmutação humana."

      Alquimia (錬金術, Renkinjutsu) é uma antiga prática do mundo de Fullmetal Alchemist, que funde ciência e artes místicas.

       Seus princípios mais básicos são os da manipulação da matéria pelo uso de energia e da troca equivalente. A manipulação da matéria ou transmutação, é geralmente descrita em três passos básicos:

     — A *compreensão* ou *entendimento* refere-se ao conhecimento da estrutura atômico-molecular e propriedades estruturais do material a ser transmutado. Isto inclui o potencial cinético, e necessita de vários anos de estudo e pesquisa. Como demonstrado na série, a compreensão pode não ser suficiente para algumas pessoas realizarem a alquimia desejada, mas é vital para a prática. Esta etapa inclui o design e memorização de círculos de transmutação. Como demonstrado por Scar, o alquimista precisa ter a estrutura do material memorizada, razão pela qual sua técnica de destruição humana não pôde destruir a prótese de Edward Elric.

       — A *decomposição* ou *destruição* refere-se ao processo de quebrar a estrutura física do material a ser transmutado. Isto torna o material maleável. É possível parar na decomposição.

       — A *recomposição*, *reestruturação* ou *criação* refere-se ao fim da transmutação, em que o alquimista altera a forma física do material, podendo até mesmo mover seus átomos em novas ligações, transformando-o em uma ou mais substâncias diferentes.